卯澳栽培漁業區位於新北市貢寮區卯澳灣，距離海岸約250公尺以內的海域，面積約為73.8公頃，其範圍包含沿岸帶、潮間帶及潮下帶，皆屬於栽培漁業區之範疇。
選定卯澳為栽培漁業區之因素有兩者，就經濟面，卯澳灣沿岸之村莊大多靠漁業和餐飲維生，同時保留大量石板屋與漁村風貌，漁村內尚保有飛魚卵與石花菜等特色加工產業，因此在栽培漁業轉型期較有潛力發展多面向產業。
就生態面，灣內有多條小溪流注入，以及有天然礁岩、沙溝、珊瑚礁、海蝕平台、消波塊及海藻林等多樣棲地，生態服務功能高，加上此區為貢寮水產動植物繁殖保育區之範圍，希望藉由此海域之漁業保育，達到資源外溢效應。
